Jako student zaangażował się w działalność duszpasterstw akademickich przy krakowskich kościołach św. Floriana i św. Anny. Pierwszym z nich kierował ks. prof. Wojtyła, z kolei część młodzieży gromadzącej się przy św. Annie należała do założonej jeszcze przed wojną organizacji Iuventus Christiana, kierowanej przez ks. Edwarda Szwejnica. Jerzy Ciesielski pełnił posługę ministranta podczas coniedzielnych Mszy św. pod przewodnictwem ks. Jana Pietraszki, późniejszego biskupa. Uczestniczył w spotkaniach, podczas których wspólnie czytano słowo Boże, rozważane w kontekście współczesnych zadań człowieka wierzącego.

Jerzy i Danuta jako młode małżeństwo zaangażowali się w rozwój koncepcji "rodziny rodzin". Spotkania z innymi parami wypełnione były modlitwą, wzajemną pomocą i wspólnym udziałem w Eucharystii. Młodym chodziło o codzienne życie według Ewangelii i bycie apostołem Chrystusa we współczesnym świecie.

W 1960 r. J. Ciesielski obronił pracę doktorską i został wykładowcą na Politechnice Krakowskiej, cenionym i lubianym przez studentów. W 1968 r. uzyskał stopień doktora habilitowanego. Był członkiem Polskiego Związku Inżynierów i Techników Budownictwa oraz Naczelnej Organizacji Technicznej, która uhonorowała go nagrodą II stopnia za wybitne osiągnięcia techniczne. Opublikował 41 artykułów naukowych na temat konstrukcji żelbetowych, był także współautorem trzech patentów.

W październiku 1968 r. J. Ciesielski został wykładowcą Uniwersytetu w Chartumie (Sudan). Wkrótce sprowadził tam także żonę i dzieci. Krótko przed wyjazdem z Polski zetknął się z powstałym we Włoszech Ruchem Focolari. Jego członkowie w małych wspólnotach, "ogniskach domowych", naśladowali Rodzinę z Nazaretu. Realizując się w pracy zawodowej, ukazywali jednocześnie, jak dążyć do osobistej świętości.

Zafascynowany ruchem, zainicjował posługę Focolari w Chartumie, zapraszając do współpracy i wymiany doświadczeń nie tylko nielicznych miejscowych katolików, ale także protestantów i członków Kościoła koptyjskiego. Nie zapominał o codziennym uczestnictwie w Mszy św. Po pracy poświęcał się pracy świeckiego misjonarza wśród czarnoskórej mniejszości Sudanu.

Rok później, 9 października 1970 r., J. Ciesielski poniósł śmierć wraz z dwojgiem dzieci w katastrofie statku wycieczkowego, który zatonął na Nilu. Z tonącego statku zdołała się wydostać najstarsza córka Maria. W tych trudnych chwilach osierocone żonę i córkę Jerzego wspierał kard. Wojtyła. - Jego wyjątkowość zrozumiałam dopiero po wyborze na papieża. Był bliski, tak bliski, że nie zdawałam sobie sprawy z jego wielkości - wyznała po latach Maria. Gdy jako nastolatka straciła ojca w katastrofie statku na Nilu, obecność Wujka stała się ważną częścią jej życia.

Prochy inżyniera zostały przewiezione do Krakowa, gdzie spoczęły na cmentarzu Podgórskim 23 listopada 1970 roku. Uroczystościom pogrzebowym przewodniczył kard. Wojtyła. 16 października 1998 r. urnę z prochami przeniesiono do kolegiaty akademickiej św. Anny.

  W pierwszą rocznicę śmierci z inicjatywy przyjaciół wmurowano w kościele św. Anny w Krakowie tablicę pamiątkową, dedykowaną pamięci Jerzego Ciesielskiego, "chrześcijanina XX wieku, który życiem swym dawał świadectwo miłości Boga i bliźnich". kolegiata św. Anny w Krakowie

Komunikat o rozpoczęciu procesu beatyfikacyjnego w sprawie heroiczności cnót sługi Bożego Jerzego Ciesielskiego ogłosiła Kuria Metropolitalna w Krakowie 30 listopada 1985 r., a miesiąc później odbyła się pierwsza sesja procesu. Jego archidiecezjalny etap zakończył się 29 maja 1990 roku. 17 grudnia 2013 r. papież Franciszek uznał heroiczność cnót Jerzego Ciesielskiego. Do beatyfikacji brakuje jedynie uznania cudu za jego wstawiennictwem.