Inaugurację poprzedziła Msza św., której przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz, a homilię wygłosił Wielki Kanclerz UPJPII abp Marek Jędraszewski.

Z powodu obostrzeń związanych z pandemią w wydarzeniu uczestniczyło niewielkie grono pracowników i studentów uczelni. Uroczystość była transmitowana w internecie.

W rok akademicki 2020/2021 uczelnia weszła z nowymi kierunkami kształcenia, jak psychologia, pedagogika, socjologia, digital media, kreatywność, analiza, zarządzanie, komunikowanie promocyjno-wizerunkowe, reklama, branding, public relations. Na 17 kierunkach studiuje obecnie 2900 studentów. W 5 dyscyplinach naukowych uczy się 391 doktorantów oraz 28 słuchaczy w Szkole Doktorskiej.

Pierwszy rok studiów rozpoczęło 1139 nowych studentów. To największy nabór na uczelni od wielu lat.

- Czas, w którym rozpoczynamy nowy rok akademicki, nie jest łatwy, ale przecież my, którzy tworzymy społeczność naszego uniwersytetu, jesteśmy ludźmi nadziei, jak uczył nas nasz patron i przewodnik Jan Paweł II. Dlatego też za nim powtarzamy sobie nawzajem: "Nie lękajmy się" - mówił w przemówieniu inauguracyjnym rektor uczelni ks. dr hab. Robert Tyrała, prof. UPJPII.

Ubiegły rok akademicki upływał pod znakiem jubileuszów 10. rocznicy podniesienia uczelni do rangi uniwersytetu oraz 100. rocznicy urodzin Karola Wojtyły.  Był pierwszym rokiem funkcjonowania Szkoły Doktorskiej oraz wielu inicjatyw naukowo-badawczych, z powodu pandemii możliwych do realizacji na żywo tylko w pierwszym semestrze. W ubiegłym roku akademickim 10 pracowników naukowych otrzymało granty badawcze. - Bardzo ważna była charytatywna akcja Fundacji św. Królowej Jadwigi "Cor cordi", która pokazała ludzkie oblicze naszego uniwersytetu - ocenił rektor UPJPII.

Według niego, przejście na zdalne nauczanie zmobilizowało do podnoszenia jakości prowadzonych zajęć akademickich.

Rektor zapowiedział, że w nadchodzącym roku akademickim wszystkie wydziały uczelni przejdą proces akredytacji watykańskiej Agencji ds. Oceny i Promocji Jakości Kształcenia na Uniwersytetach i Wydziałach Kościelnych.

Poinformował ponadto, że Senat uczelni na swoim pierwszym posiedzeniu w nowym składzie, które odbyło się 28 września, jednogłośnie podjął uchwałę o dokończeniu budowy Kampusu Jana Pawła II na os. Ruczaj w Krakowie, gdzie stoi już biblioteka uniwersytecka.

Podczas inauguracji nowego roku akademickiego biskup gliwicki Jan Kopiec odebrał tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie. Uczelnia przyznała mu go za: edycję akt Nuncjatury Apostolskiej w Warszawie z pierwszej połowy XVIII wieku jako podstawowego źródła poznania historii Kościoła w Polsce, setki prac na temat historii Kościoła na Śląsku z podkreśleniem jej różnorodności, z akcentem na dzieje duszpasterstwa, dostrzeganie człowieka w historii, w nauce i w codziennym życiu oraz wielką cześć dla św. Jana Pawła II, dla Krakowa i dla uczelni.