Szlify muzyczne zdobywał ucząc się gry na fortepianie w szkole muzycznej w swym rodzinnym mieście. Przez jakiś czas grał na organach w nowotarskim kościele św. Katarzyny. Potem pojechał do Krakowa, by studiować architekturę na Politechnice Krakowskiej. W trakcie studiów współtworzył w 1966  kabaret "Anawa", który potem przekształcił się w zespół muzyczny pod tą samą nazwą. Wokalistą był inny student architektury - Marek Grechuta. Spod kompozytorskiego pióra Pawluśkiewicza wyszły m.in. takie śpiewane przez Grechutę przeboje tego zespołu jak "Serce" i "Tango Anawa".

 Z czasem Pawluśkiewicz wciąż rozszerzał krąg swych muzycznych zainteresowań. W latach 70. ub. wieku współpracował z "Piwnicą pod Baranami", także jako wykonawca. W 1977 r. skomponował wraz z Markiem Grechutą muzykę do musicalu "Szalona lokomotywa" do tekstów Stanisława Ignacego Witkiewicza, wystawionego w Teatrze STU w reżyserii Krzysztofa Jasińskiego. Od tej pory często  wracał  do dużych form wokalno-instrumentalnych. Skomponował m.in. muzykę do oratoriów: "Nieszpory ludźmierskie" (1992), "Ogrody Jozafata" (2002) i "Radość Miłosierdzia" (2009), misterium "Przez tę ziemię przeszedł Pan" (2005) i poematu symfonicznego "Harfy Papuszy" (1994). Słowa większości z nich napisał poeta Leszek Aleksandr Moczulski, a wśród wykonawców wokalistów, niezmiennie była krakowska śpiewaczka Elżbieta Towarnicka.

Duży rozgłos uzyskały "Nieszpory ludźmierskie", wykonane wpierw w Ludźmierzu, Nowym Targu i Krakowie, hołd artysty dla religijności swego rodzinnego Podhala. Chyba największe wrażenie wywołała jednak 26 marca 2005 r.  prapremiera misterium "Przez tę ziemię przeszedł Pan". Pokazane w Wielką Sobotę na krakowskim Rynku Głównym widowisko przedstawiające misterium Męki i Zmartwychwstania Chrystusa, było kulminacją II edycji festiwalu Misteria Paschalia. Pawluśkiewicz napisał muzykę oddającą "entuzjazm, rozpacz i ból". Uważał wówczas  to oratorium za swoje najważniejsze dzieło. Co ciekawe, powstało ono kilka lat przed prapremierą ale potem zostało gruntownie przepracowane. Autor tekstu,  poeta L. A. Moczulski, spróbował oddać wierszem tajemnicę dokonywanego przez Chrystusa na Golgocie zbawienia ludzkości. "Pisanie słów do oratorium było szukaniem współczesnego wyrazu poetyckiego przy jednoczesnym zachowaniu łączności ze staropolszczyzną" - mówił poeta w rozmowie z  red. Wacławem Krupińskim. W partiach solowych wystąpili: Justyna Steczkowska, Elżbieta Towarnicka i Zbigniew Wodecki, narratorami byli aktorzy Jan Frycz i Jerzy Trela, zaś partie chóralne śpiewał Chór Filharmonii Krakowskiej i Kantorei Sankt Barbara pod dyrekcją Mirosława Jacka Błaszczyka.

Przejmujące było przedstawianie kolejnych etapów dramatu Chrystusa, uwypuklane przez zgrzytliwą w tym miejscu muzyką. A potem, "Z dna/ Z dni opuszczenia/ Dzień nastał zbawienia/ Śmierci, gdzie twój oścień?/ Pan nasz zmartwychpowstał/ Śmierć zniweczona/ Głaz odrzucony/ Człowiek zbawiony" – recytował narrator i nastąpił chóralny finał w postaci pięknej szesnastowiecznej "Pieśni o Zmartwychwstaniu Pańskim" Jakuba Lubelczyka: "Krystus Pan Zmartwychwstał/ zwycięstwo otrzymał/ Bo zborzył śmierć srogą/ Swoją śmiercią drogą/ Alleluja Kirye".

Misterium Pawluśkiewicza i Moczulskiego wyreżyserowane przez Jerzego Fedorowicza, przedstawiało obrazy Męki i zmartwychwstania Chrystusa nie tylko przez słowo, muzykę i ruch sceniczny. Odpowiednie części utworu były ilustrowane barwnymi reprodukcjami mało znanych szerszej publiczności szesnastu gotyckich obrazów tablicowych z Małopolski wyświetlanych na wielkim telebimie, m.in. "Ostatniej Wieczerzy" z piętnastowiecznego "Tryptyku Dominikańskiego".

Co ciekawe, Pawluśkiewicz nigdy nie wychodził przed tekstowy szereg. Zawsze to słowo poetyckie było inspiracją do tworzenia muzyki. Komponował także utwory instrumentalne do widowisk teatralnych w teatrach Krakowa i poza nim oraz filmów. Jego muzykę można było usłyszeć m.in. w "Wodzireju" Feliksa Falka (1977), "Ćmie" Tomasza Zygadły (1980), "Gorączce" Agnieszki Holland (1980) "Pułkowniku Kwiatkowskim" Kazimierza Kutza (1995) i "Papuszy" Joanny Kos-Krauze i Andrzeja Krauze (2013) a także w licznych przedstawieniach Teatru Telewizji.

W 2005 r. wrócił kompozytorsko do instrumentu swego dzieciństwa i wczesnej młodości, komponując koncert fortepianowy "Złoty kolczyk". Zajmuje się także sztukami plastycznymi tworząc m.in. obrazy w technice „żel-artu”.

J.K. Pawluśkiewicz jest bohaterem książki W. Krupińskiego "Jan Kanty osobny" (2015). Doczekał się licznych nagród i wyróżnień. Jest m.in. Obywatelem Honorowym Nowego Targu (2008) oraz posiadaczem złotego medalu Zasłużony Kulturze Gloria Artis (2016) i Medalu św. Brata Alberta (2019).