Ksiądz Ziółkowski wstąpił 21 lipca 1919 r. do Wojska Polskiego. - Został kapelanem 5 Pułku Piechoty Legionów. Uczestniczył w walkach z bolszewikami na Wileńszczyźnie, kampanii łatgalskiej, wyprawie kijowskiej, Bitwie Warszawskiej oraz Bitwie Niemeńskiej. Za dzielność i postawę moralną wykazaną w starciu z Litwinami pod Gibami we wrześniu został odznaczony Krzyżem Walecznych - mówi Bogusław Szwedo, biograf ks. Ziółkowskiego, autor słownika biograficznego "Kapelani wojskowi na drogach ku niepodległości. Sto biogramów na stulecie Biskupstwa Polowego w Polsce" (Warszawa 2019).

Po zakończeniu wojny polsko-bolszewickiej ks. Ziółkowski pozostał w wojsku jako kapelan. Od 12 maja 1937 r. był proboszczem kościoła garnizonowego pw. św. Wojciecha Biskupa i Męczennika w Jarosławiu. Na wojnę w 1939 r. poszedł jako proboszcz 24 Dywizji Piechoty wchodzącej w skład Armii "Karpaty". - 17 września 1939 r. dostał się do niewoli sowieckiej w Darachowie pod Tarnopolem. W pierwszą noc niewoli, mając możliwość ucieczki w Kopyczyńcach, zrezygnował z niej, uznając, że będzie potrzebny żołnierzom w niewoli sowieckiej. Umieszczono go w obozie przejściowym w Kozielszczynie w obwodzie połtawskim na Ukrainie, gdzie oficerów ulokowano w chlewach opróżnionych po wyginięciu na różycę świń. 15 października 1939 r. odprawił tam konspiracyjnie Mszę św. W listopadzie 1939 r. osadzono go w obozie specjalnym NKWD w Kozielsku. Gdy w Wigilię Bożego Narodzenia 1939 r. z obozu kozielskiego wywieziono duchownych różnych obrządków, o nim zapomniano, ponieważ przebywał w karcerze, ukarany za odprawianie nabożeństw zabronionych przez obozowe władze. Został w ten sposób jedynym kapłanem w Kozielsku. W dalszym ciągu po kryjomu i szybko odprawiał Msze św. po rozmaitych kątach budynków obozowych, w piwnicy zabudowań oraz udzielał Komunii św. W marcu 1940 r. był spowiednikiem setek jeńców w czasie Świąt Wielkanocnych - mówi B. Szwedo.

Wzmianki o posłudze duchowej ks. Ziółkowskiego znajdują się m.in. w notatkach odnalezionych przy ciałach oficerów zamordowanych w Katyniu oraz w książce "W cieniu Katynia" autorstwa ocalonego z masakry katyńskiej prof. Stanisława Swianiewicza. Ostatnią prawdopodobnie w swoim życiu Mszę św. odprawił 7 kwietnia 1940 roku. Potem został wywieziony wraz z innymi współwięźniami obozu w Kozielsku. - Między 9 a 11 kwietnia został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Lesie Katyńskim lub w piwnicy więzienia wewnętrznego Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku. Ciało kapłana wrzucono do dołu śmierci w Katyniu - obecnie Polski Cmentarz Wojenny. 24 kwietnia 1943 r. został zidentyfikowany w czasie niemieckiej ekshumacji w Lesie Katyńskim. Znaleziono przy nim legitymację odznaki Korpusu Ochrony Pogranicza, wizytówkę, dwie fotografie, drewnianą papierośnicę oraz modlitewnik, różaniec i dwa łańcuszki na szyję - przypomina B. Szwedo.

Postać ks. Ziółkowskiego została upamiętniona w wielu miejscach w Polsce, także na terenie archidiecezji krakowskiej. - Działał przed I wojną światową w Związku Strzeleckim na terenie Łapanowa. 29 lipca 2007 r. w kościele pw. św. Bartłomieja Apostoła w tej miejscowości została odsłonięta Gablota Pamięci ks. Jana Ziółkowskiego. Przy tej świątyni 19 maja 2009 r. został także odsłonięty upamiętniający zamordowanego kapłana obelisk. 19 kwietnia 2010 r. w ramach programu edukacyjnego "Katyń - ocalić od zapomnienia" przy Zespole Szkół im. Jana Pawła II w Łapanowie posadzono poświęcony mu Dąb Pamięci. Tabliczki epitafijne z jego nazwiskiem znajdują się także na Katyńskiej Ścianie Pamięci w kościele garnizonowym pw. św. Agnieszki w Krakowie, a także na obelisku pamięci w jego rodzinnej Woli Wieruszyckiej, należącej do parafii Łapanów. Teraz doszła do tego tablica w kościele św. Józefa w krakowskim Podgórzu - wylicza B. Szwedo.

  Ks. Jan Ziółkowski (1889-1940) wywodził się z diecezji krakowskiej. Reprodukcja ze zbiorów Bogusława Szwedy