Inauguracja odbyła się w auli budynku Fides Centrum Jana Pawła II "Nie lękajcie się!" na krakowskich Białych Morzach. Poprzedziła ją uroczysta Msza św. w znajdującym się na terenie centrum kościele, będącym sanktuarium Jana Pawła II. Przewodniczył jej kard. Stanisław Dziwisz, świadek życia i działalności polskiego papieża, metropolita senior archidiecezji krakowskiej, były Wielki Kanclerz UPJP II. - Szczególną misją Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie jest podejmowanie świadectwa, jakie złożył święty patron. Tą misją jest służenie prawdzie, ukazywanie jej piękna i atrakcyjności, głoszenie i dawanie świadectwa o niej. Służenie prawdzie jest niczym innym jak formą miłości, troski o człowieka i świat - zaznaczył dobitnie kard. Dziwisz. Dodał, że ów święty patron zostawił "przykład życia zanurzonego w modlitwie". - Chcemy go także i w tym względzie naśladować. Życie kościelnej uczelni powinno być zanurzone w modlitwie, ufnej i stałej, cierpliwej i wielkodusznej - stwierdził hierarcha.

Wezwał także do ukazania prawdy o osobie i dziedzictwie patrona uczelni. - W obliczu jakże nieuzasadnionych i raniących oskarżeń musimy wszyscy stanąć odważnie w celu pokazania bogactwa, jakie zostało nam dane przez Boga w osobie Karola Wojtyły - św. Jana Pawła II. Nie lękajmy się zatem dawać świadectwa prawdzie! - zaznaczył.

W trakcie inauguracji wystąpił rektor UPJP II ks. prof. Robert Tyrała, jako reprezentant wspólnoty akademickiej tej uczelni. Wskazał, że na I rok przyjęto 917 nowych studentów. Łącznie na uczelni są 3 tys. studentów i doktorantów.

Wykład inauguracyjny wygłosił prof. Przemysław Czarnek, minister edukacji i nauki. Do uczestników uroczystości skierowano listy. Napisał m.in. abp Marek Jędraszewski, Wielki Kanclerz uczelni, który obecnie przebywa w Rzymie na synodzie biskupów. "Na początku nowego roku akademickiego życzę całej wspólnocie akademickiej Uniwersytetu Jana Pawła II w Krakowie, aby słowa jego Świętego Patrona stały się inspiracją, światłem i programem tegorocznej działalności" - wskazał metropolita krakowski.