Pod Wawelem przyszły biskup przemyski dał się poznać jako świetny organizator, człowiek głębokiej duchowości i szerokich horyzontów intelektualnych, mistrz zarządzania czasem i wrażliwy społecznik. Od czasu reorganizacji Uniwersytetu Jagiellońskiego w 1877 r. pracował tam przez 22 lata. Pełnił obowiązki profesora i dziekana Wydziału Teologicznego, a w latach 1882–1883 był rektorem krakowskiej uczelni.