Pierwsze wzmianki o Prądniku jako osadzie pojawiają się już w XII w., kiedy został przydzielony do opactwa tynieckiego. Zanim powstała tutaj parafia pw. Pana Jezusa Dobrego Pasterza, tereny te swoim zasięgiem obejmowały parafie św. Mikołaja i Świętego Krzyża.