Msza św. pogrzebowa w drugim dniu uroczystości pożegnania ks. Szyszki odbyła się w kościele Świętego Krzyża, którego zmarły kapłan był budowniczym. Duchownego wspominał jego przyjaciel ks. Mieczysław Łukaszczyk z Nowego Targu, kapelan Związku Podhalan. Podkreślił, że każdy kapłan powołany jest po to, aby głosić słowo Boże i uświęcać świat przez sakramenty. Zaznaczył, że dzisiaj kapłaństwo nie jest cenione, a o kapłanach mówi się źle; brakuje też powołań kapłańskich. Ksiądz Łukaszczyk podkreślił, że ks. Szyszka w latach 80. został posłany do Zakopanego, aby założyć parafię i wybudować kościół Świętego Krzyża. Od początku dał się poznać jako wspaniały kaznodzieja. Z radością też udzielał sakramentów. - Chciał, żeby te sakramenty były przeżyciem i żeby podnosiły nas, żeby nas ciągle czyniły dziećmi Bożymi - mówił ks. Mieczysław.

Przywołał też pielgrzymkę Jana Pawła II do Polski w 1997 roku. 6 czerwca Ojciec Święty w kościele Świętego Krzyża w Zakopanem spotkał się z chorymi, a później pod Wielką Krokwią odprawiał Mszę św., w czasie której m.in. zachęcał do obrony krzyża

Uroczystościom pogrzebowym przewodniczyli kard. Stanisław Dziwisz, metropolita senior archidiecezji krakowskiej (w pierwszym dniu), i bp Robert Chrząszcz. Przybyli bardzo licznie kapłani z Zakopanego i okolicznych wspólnot, a także najbliżsi członkowie rodziny ks. Stanisława ze Spytkowic koło Chabówki. W imieniu Związku Podhalan ks. Szyszkę pożegnał ks. Władysław Zązel.

Proboszcz parafii Świętego Krzyża w Zakopanem ks. Mariusz Dziuba podziękował uczestnikom uroczystości pogrzebowych. Przypomniał, że ks. Szyszka był Honorowym Obywatelem Zakopanego.

Ksiądz Szyszka spoczął na cmentarzu przy ul. Nowotarskiej w Zakopanem. Kondukt pogrzebowy był bardzo uroczysty, trumnę z ciałem zmarłego kapłana przewieziono konno białym fiakrem. W ostatnim pożegnaniu wzięły udział setki mieszkańców Zakopanego, byli też przedstawiciele władz różnego szczebla, organizacji i instytucji.

Kapłan zmarł 19 czerwca, miał 83 lata. Urodził w Spytkowicach koło Chabówki. Święcenia kapłańskie przyjął w 1964 roku. Był budowniczym kościoła Świętego Krzyża i proboszczem tutejszej parafii. W 2012 r. przeszedł na emeryturę, stale pomagając w obowiązkach duszpasterskich w parafii tatrzańskiej. W 2023 r. został Honorowym Obywatelem Zakopanego. Ksiądz Szyszka był autorem kilku ważnych publikacji dotyczących współczesnej historii Zakopanego.