Emerytowany biskup pomocniczy archidiecezji krakowskiej zmarł 28 sierpnia tuż po godz. 18 w krakowskim szpitalu po długiej i ciężkiej chorobie, w 79. roku życia i 56. roku kapłaństwa. Był niegdyś współpracownikiem "Gościa Krakowskiego".
Orawa i Podhale to "rodno ziem" zmarłego. Często tam wracał. Jan Szkodoń urodził się 19 grudnia 1946 r. w Chyżnem na Orawie (pow. Nowy Targ). Tam chodził do szkoły podstawowej, potem zaś do liceum w orawskiej Jabłonce. W 1964 r. wstąpił do Krakowskiego Seminarium Duchownego. Święcenia kapłańskie otrzymał 22 marca 1970 r. w Jabłonce z rąk kard. Karola Wojtyły. Po święceniach był wikariuszem w Makowie Podhalańskim oraz w parafii Matki Bożej Zwycięskiej w Krakowie-Borku Fałęckim. W latach 1973-1976 studiował teologię i pedagogikę rodziny w Instytucie Pastoralnym Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Owocem studiów był doktorat na podstawie pracy "Nierozerwalność małżeństwa jako problem duszpasterski Kościoła w Polsce w latach 1946-1970".
Następnie pracował w Kurii Metropolitalnej jako sekretarz Synodu Archidiecezji Krakowskiej. Prowadził też wykłady na Papieskim Wydziale Teologicznym (później Papieska Akademia Teologiczna) z teologii pastoralnej i z teologii życia wewnętrznego. W 1979 r. został mianowany ojcem duchownym w Krakowskim Seminarium Duchownym. Prowadził liczne rekolekcje parafialne oraz rekolekcje dla członków Ruchu Światło-Życie i Grup Apostolskich.
14 maja 1988 r. został mianowany biskupem pomocniczym archidiecezji krakowskiej, ze stolicą tytularną Turrisblanda. 4 czerwca 1988 r. w katedrze na Wawelu został konsekrowany na biskupa. Święcenia otrzymał z rąk kard. Franciszka Macharskiego. Jego dewizą biskupią stały się słowa: Dominus ipse faciet (Pan, On sam będzie działał). Pełnił m.in. funkcję wikariusza generalnego archidiecezji. Prowadził ożywioną działalność duszpasterską. Był czynny także w Konferencji Episkopatu Polski, będąc m.in. członkiem Komisji ds. misji, KUL i Duchowieństwa. "Prawie całe biskupstwo przeżyłem w wolnej Polsce. W pierwszych latach był wielki entuzjazm i wiara w to, że tyle rzeczy będzie można zrobić dla królestwa Bożego. W miarę upływu lat uświadamiałem sobie też, że grzech jest obecny w nas i wśród nas, że wolność jest nie tylko dana, ale i zadana. Że jest także wyzwaniem, a czasem nawet ciężarem" - mówił w 2013 r. bp Szkodoń w rozmowie z "Gościem Krakowskim" z okazji jubileuszu 25-lecia biskupstwa.
10 marca 2022 r. papież Franciszek przyjął jego rezygnację z urzędu biskupa pomocniczego archidiecezji krakowskiej w związku z osiągnięciem wieku emerytalnego.
Stolica Apostolska - w następstwie formalnego zgłoszenia - przeprowadziła proces karno-administracyjny dotyczący podejrzenia wykorzystania seksualnego osoby małoletniej przez bp. Szkodonia. Jego wina nie została udowodniona (non constat). "W toku postępowania stwierdzono natomiast nierozważne zachowanie bp. Jana Szkodonia wobec małoletniej, polegające na przyjmowaniu jej w prywatnym mieszkaniu bez obecności jej rodziców, pozostających od lat w znajomości z biskupem" - napisano w komunikacie Nuncjatury Apostolskiej w Polsce z 23 lipca 2021 r. Biskupowi została wymierzona pokuta, akta procesu zostały zaś przekazane do Stolicy Apostolskiej.
Był bardzo związany z postacią papieża Jana Pawła II. "Całe moje życie przeżywałem w świetle jego osoby. Dopiero po latach zdaję sobie sprawę, jak bardzo Jan Paweł II zaważył na moim rozwoju duchowym. Oczywiście tak też może mówić tysiące ludzi, ale w moim przypadku to trudno to ująć inaczej" - wspominał w 2013 r. w rozmowie z "Gościem Krakowskim".
Naukę Kościoła dotyczącą kapłaństwa i rodziny przedstawiał w licznych wykładach, kazaniach oraz książkach. Przez wiele lat, od 1997 r. poczynając, wygłaszał komentarze religijne na falach zakopiańskiego Radia Alex. "Na początku były to krótkie komentarze na różne tematy religijne. Potem ustaliliśmy, że będzie to cykl komentarzy na temat biblijnych czytań mszalnych (w tym świątecznych). Tłumaczę trudniejsze miejsca tekstów, odnoszę je do życia indywidualnego, rodzinnego, społecznego. Audycja ma również drugą część, w której jest duchowe przygotowanie do poszczególnych okresów roku liturgicznego, do ważniejszych świąt kościelnych. Są również cykle związane z programem duszpasterskim. Omawialiśmy m.in. pielgrzymki Jana Pawła II. Były też tematy zaczerpnięte z Katechizmu Kościoła Katolickiego czy te dotyczące aktualnych problemów Kościoła" - wyjaśniał biskup Jan w 2012 r. na łamach "Gościa Krakowskiego".
Warto dodać, że Pan Bóg obdarzył go talentami artystycznymi. Dużo malował, na poziomie profesjonalnym, czego owocem były liczne wystawy. Pisał także wiersze, publikowane potem w osobnych tomach.