Ścisłe kierownictwo organizacji tworzyli Jan Rzepecki "Ślusarczyk" (prezes), Janusz Bokszczanin (wiceprezes), Tadeusz Jachimek "Ninka" (sekretarz generalny), Antoni Sanojca "Skaleń", Franciszek Niepokólczycki "Halny", Jan Szczurek-Cergowski "Sławbor" i Józef Rybicki "Maciej". Wobec rozwiązania Armii Krajowej założyciele WiN uznali, że konieczne jest stworzenie organizacji politycznej w miejsce poakowskiej konspiracji zbrojnej.

W konspiracyjnej prasie opublikowano wkrótce zredagowaną przez Rzepeckiego "Deklarację Ideową WiN". Organizacja przejęła dużą część dotychczasowych struktur podziemnych AK i szybko rozrosła się do około 20 tys. osób. Choć pierwotnie nie planowano konspiracji zbrojnie walczącej z narzucanym Polsce systemem, to wkrótce w ramach WiN powstały oddziały partyzanckie, choć to nie one były najważniejszym członem Zrzeszenia. Głównym zadaniem, jakie stawiało sobie WiN, była konspiracyjna działalność polityczna, propagandowa (w zasadzie stwarzanie antidotum na propagandę oficjalną) i dążenie do dotrzymania udzielonych w Jałcie gwarancji co do przyszłych losów Polski jako kraju demokratycznego, a w szczególności przekazanie władzy w Polsce władzom RP na uchodźctwie, będącym kontynuacją legalnych rządów z czasów przedwojennych.

Jak wiemy, nic z tego nie wyszło. Nacisk nowej władzy wspieranej przez reżim stalinowski był zbyt silny, metody zbyt okrutnie skuteczne, a obiecane gwarancje zachodnich sojuszników nie były warte papieru, na którym je spisano. Kolejne cztery Zarządy Główne Zrzeszenia zostały zlikwidowane z okrucieństwem rosnącym w miarę umacniania się komunistycznej władzy i jej aparatu represji.

Ostatni, IV Zarząd Główny zrzeszenia został rozbity w listopadzie 1947 roku. Zamordowanie 1 marca 1951 roku prezesa Łukasza Cieplińskiego wraz z towarzyszami z IV Zarządu Głównego WiN, stało się podstawą do ustanowienia 1 marca Narodowym Dniem Pamięci Żołnierzy Wyklętych.

W 80. rocznicę powstania WiN w siedzibie krakowskiego Muzeum Armii Krajowej odbyło się rocznicowe spotkanie ludzi pielęgnujących pamięć o działaczach i żołnierzach organizacji.

Najpierw dla uczestników odprawiono Mszę w kościele kapucynów sprawowaną pod przewodnictwem abp. Marka Jędraszewskiego. Później, w Muzeum AK, głos zabrali m. in dr hab. Filip Musiał, dyrektor krakowskiego Instytutu Pamięci Narodowej, a także Małgorzata Janiec, prezes Zarządu Obszaru Południowego WiN. Doktor Michał Wenklar w krótkim wykładzie przypomniał tragiczne dzieje Zrzeszenia od jego powstania do likwidacji.

Kajetan Rajski, prezes Fundacji Kwartalnika "Wyklęci", przeprowadził też rozmowę z dziećmi żołnierzy WiN: Jadwigą Ostafin-Martyną, Franciszkiem Batorym i Markiem Franczakiem.

Na zakończenie spotkania uczestnicy odśpiewali "Marsz Zaporczyków".