Początki pierwszego kościoła w Wieliczce sięgają XIII wieku. Najstarsze miejsce kultu religijnego w solnym mieście znajdowało się w miejscu, w którym dzisiaj mieści się prezbiterium kościoła św. Klemensa. Murowana świątynia stała tutaj już przed lokacją miasta w 1290 roku. Pierwsze wzmianki o wielickiej parafii pochodzą z papieskiej bulli z roku 1229. Około połowy XIV wieku w miejscu starszej świątyni zbudowano kościół w stylu gotyckim. W roku 1786 zadrżały Karpaty. Trzęsienie ziemi było tak silne, że pękła murowana bryła wielickiego kościoła. Kopalnia, nad którą parafia od stuleci sprawowała duszpasterską opiekę, oraz okoliczne gminy zebrały pieniądze na odbudowę. Decyzją władz austriackich gotycki kościół rozebrano, a na jego fundamentach postawiono nowy. Pracami kierował adiunkt zarządu górniczego Maciej Lebzeltern. Świątynię konsekrował 4 kwietnia 1825 r. bp Grzegorz Tomasz Ziegler.