Mszy św. przy trumnie zmarłego przewodniczył w kolegiacie uniwersyteckiej św. Anny abp Marek Jędraszewski.

Wśród koncelebransów był także ks. prof. Robert Tyrała, rektor Uniwersytetu Jana Pawła II.

Metropolita krakowski, wielkopolski rodak zmarłego, wspomniał, że w świątyni gdzie dziś odprawiano Mszę, odbyło się w 1997 r. spotkanie ze społecznością akademicką, w 600 rocznicę powstania Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. Słowa wygłoszonego wówczas przemówienia papieża, zainspirowały władze Uniwersytetu Poznańskiego do utworzenia w stolicy Wielkopolski Wydziału Teologicznego będącego częścią tej uczelni.

- W tę twórczą pracę włączył się pan profesor Mirosław Handke, ówczesny minister (…). Uważał, że dla normalnego funkcjonowania uniwersytetu konieczne jest odniesienie się do transcendencji - powiedział abp Jędraszewski. - Bez poparcia i życzliwości pana ministra nie byłoby to możliwie. Byłem pod wrażeniem ogromu jego wiedzy. Wyczuwało się człowieka wielkich wartości, co sprawiało, że nawiązywała się nić zrozumienia, gdy chodzi o rzeczywistość prawdy, nauki, rozumu i wiary. Bez wychylenia się ku transcendencji, człowiek zanika. Pan profesor chciał, i z żelazną konsekwencją i wyczuciem dążył do tego, aby człowiek nie gasł, ale wzrastał. Za to dzisiaj bardzo mu dziękuję - dodał metropolita.

Do jego słów nawiązał prof. Jerzy Lis, obecny rektor AGH. - Ci, którzy go znali, zapamiętają go także jako wybitną postać o bardzo mocnej osobowości. Miał zdecydowaną postawę moralną o racjonalnych, konserwatywnych, katolickich i patriotycznych poglądach -  powiedział rektor. - Miał autentyczny autorytet naukowy w środowisku i zawsze - a wiem to, bo bezpośrednio miałem z nim relację - czuł się naukowcem i wykładowcą, bo był dydaktykiem z wielkim talentem do wykładów i pasją do przekazywania wiedzy- zaznaczył prof. Lis.

Zmarłego pożegnał osobiście także prof. Jerzy Buzek, który współpracował z prof. Handkem w działaniach "Solidarności" oraz rządu którym kierował. Wspominał go jako "człowieka pierwszej »Solidarności«, która w latach 80. zbudowała nowy portret Polaków: przyjaznych dla siebie, współdziałających, gotowych stawać jeden za drugiego, czujących bliskość pomimo różnych poglądów i nietolerujących kłamstwa w życiu publicznym". - Pokazywałeś na własnym przykładzie, że polityka może się od nauki uczyć, choćby szacunku dla słowa - mówił prof. Buzek. Listy pożegnalne nadesłali także: prezydent Rzeczypospolitej Andrzej Duda oraz minister edukacji i nauki prof. Przemysław Czarnek.

Prof. Handke został pochowany na cmentarzu Rakowickim. Uroczystościom pogrzebowym przewodniczył tam kard. Stanisław Dziwisz.