J. Steczkowski został kierownikiem Oddziału Planowania i Inwestycji Wyższej Szkoły Ekonomicznej powstałej z przekształcenia Akademii Handlowej. Uczelnia przeniosła się w 1952 r. do budynków przy ul. Rakowickiej 27, po zlikwidowanej Fundacji im. księcia Aleksandra Lubomirskiego. Młody kierownik stoczył tu z komunistami bezskuteczna wojnę w obronie znajdującej się na terenie uczelni kaplicy.

"Członkowie Komitetu Uczelnianego PZPR zamiast pomóc... zaczęli się prześcigać w ideologicznej czujności. Denerwowały ich symbole religijne. Na pierwszy ogień poszła figura Matki Boskiej z Lourdes, która stała w skalnej wnęce. Którejś nocy nieznani sprawcy (choć były podejrzenia) usunęli figurę. Potem chciano zlikwidować krzyż na kopule głównego gmachu. Komitet Uczelniany zażądał ode mnie nawet, abym usunął całą kopułę, a gdy odmówiłem, nazwano mnie papistą. Mimo pilnych robót, musiałem się zająć sprawą. Udałem się do konserwatora miasta Krakowa dr. Józefa Lepiarczyka i poprosiłem z »głupia frant« o zezwolenie na zdjęcie kopuły. Ten spąsowiał i krzyknął: »Chcecie likwidować jedną z najładniejszych kopuł w Krakowie? Cały Budapeszt ma wiele takich i nic im to nie przeszkadza!«. Poprosiłem, aby brak zgody przekazał mi na piśmie. Zrobił to bez wahania. Następnie, będąc w Warszawie, poszedłem do Biura ds. Wyznań i ponowiłem prośbę. Odpowiedzieli: »Chyba macie w Krakowie za dużo zabytków. Popatrzcie, my na Nowym Świecie kopuły i herby restaurujemy, a wy chcecie je niszczyć!«. I tym razem poprosiłem o negatywną odpowiedź na piśmie. Następnie udałem się do ministerstwa i ponowiłem prośbę. Zapytali: »O ile zwiększy to kubaturę budynku i ile to będzie kosztowało?«. Gdy podałem, że koszty będą duże – odmówili finansowania takiej renowacji. Również i tu werdykt na piśmie dostałem. Po powrocie do Krakowa zjawiłem się w KU PZPR i stwierdziłem: »Popatrzcie, papistą jest konserwator miasta, zagnieździli się też w resorcie, a co gorsza i w Biurze ds. Wyznań«. Zdębieli, na pewien czas odczepili się ode mnie i mogłem zająć się sensowną pracą" – wspominał profesor. Z czasem kaplica została jednak zlikwidowana.

J. Steczkowski w 1956 r., wieku 33 lat, zaczął karierę akademicką jako asystent, wybierając statystykę jako przedmiot swojej specjalizacji naukowej.

W swojej dalszej karierze naukowej i akademickiej pełnił m.in. funkcję prorektora ds. nauki ówczesnej Akademii Ekonomicznej w Krakowie w latach 1978–1981 (jako – co podkreślał zawsze – bezpartyjny).