W 17 krajach głosił rekolekcje dla kapłanów. Studiował w filozofię i teologię w Meksyku. W 1971 r., uczestnicząc w spotkaniu charyzmatycznym, wziął udział w modlitwie o wylanie Ducha Świętego. Doświadczenie to wpłynęło na jego zaangażowanie się w dzieło ewangelizacyjne Kościoła katolickiego.

W 1977 ukończył studia w Międzynarodowym Instytucie Katechetyki i Duszpasterstwa Lumen Vitae w Brukseli.

Jako świecki ewangelizator prowadził wykłady biblijne w Meksyku (Instituto De Sagrada Escritura, Instituto Superior de Estudios Eclesiasticos, Instituto Biblico Catolico w Guadalajarze) i we Włoszech (Instytut Katolickiej Odnowy Charyzmatycznej w Rzymie).

W 1980 założył Szkołę Ewangelizacji Świętego Andrzeja (SESA), która dziś obejmuje ok. 2000 szkół w 82 krajach – wszystkie posiadają tę samą wizję, oparte są na tej samej metodologii i programie szkolenia. W 1981 r. poznał o. Emiliena Tardifa. Ich wspólne wysiłki zaowocowały w 1986 r. powstaniem programu KEKAKO (Kerygmat – Karisma – Koinonia).

Od 1987 do 1993 roku José pracował jako dyrektor ds. Ameryki Łacińskiej w Dziele Ewangelizacji 2000, a w latach 1993–1998 reprezentował Meksyk na spotkaniu Międzynarodowej Katolickiej Odnowy Charyzmatycznej w Rzymie.

Brał udział w XIII Sesji Zwyczajnej Synodu Biskupów poświęconej Nowej Ewangelizacji w październiku 2012 r.

Do Polski Prado Flores został zaproszony przez Centralną Diakonię Ewangelizacji Ruchu Światło–Życie i od tego czasu liczne wspólnoty i szkoły ewangelizacji podejmują jego metodologię kursów ewangelizacyjnych. José był gościem II Forum Charyzmatycznego, które odbyło się w Łodzi (1993 r.) oraz głównym mówcą Ogólnopolskiego Czuwania Odnowy w Duchu Świętym na Jasnej Górze w 2006 r.